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安徽省信用合作联社与合肥科技农村商业银行在工作职能和上下级关系上有所不同。
1、工作职能不同
省联社的主要职能是制定全省农村信用社改革和发展规划并组织实施；制定行业自律管理制度并督促执行；指导农村信用社健全法人治理结构，建立规范、有效的经营管理机制，完善内控制度，裂橡创新服务方式，拓展新的业务领域等。
而合肥科技农村商业银行的职能是吸收公众存款;发放短期、中期和长期贷款；办理国内结算；办理票据承兑与贴现；代理收付款项及代理保险业务；代理发行、代理兑付、承销政府债券等。
2、上下级关系不同
安徽省信用合作联社比合肥科技农村商业银行级别高，合肥科技农村商业银行股份有限公司是安徽省信用合作联社的下属机构。
另外，金农卡是安徽省辖内农村合作金融机构向社会发行的人民币磁条借记卡，所以，安徽省信用合作联社与合肥科技农村商业银行都可以发行。
安徽省农村信用社联合社成立于2004年12月18日，由全省83家县(市、区)级联社共同出资组成，具有独立法人地位的地方性金融机构，注册资本5000万元。
截止2019年7月，安徽省农村信用社联合社全省拥有83家子单位裤源备，近3万人员工,覆盖全省17个地市和各区县。目前，省联社共下设8个内设机构、2个直属机构和14个办事处。
全系统共有83家法人机构，其中农村商业银行5家、农村合作银行22家、县级联社56家，下辖3048个分支机构，在岗员工29054人，网点数和从业人数占胡毁全省银行业金融机构40%以上。
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