泉州培元中学是1904年由英国基督教长老会募捐,聘请英国人、剑桥大学毕业生安礼逊(A.S.Moore.Anderson)来泉州创办的。 1929年4月,培元中学校友执委会倡议推举成立校董会,校董会由英国长老公会、闽南基督教会、培元校友会组成,推举谢玉铭、吕振中、黄嘉惠、潘清白、陈清源、吴祝三、许锡安七人为校董。
1940年,许锡安先生辞去校长职务,任校董会主席,由王庆元接任校长。许锡安1915年毕业于燕京大学(现北京大学),1920年3月接安礼逊任培元中学校长。王庆元毕业于协和大学,在协和大学任教,受聘回母校就任校长。
1940年9月,泉州解放,1951年,培元中学改为公办,更名为“泉州第二中学”。1956年,许锡安先生在台湾彰化创立“私立彰化培元中学”,许锡安先生的妹妹许逾雪女士在菲律宾马尼拉创办菲律宾培元中学。海外校友与母校联系中断。
1979年3月,晌岁经政府批准,复称“培元中学”。1980年2月,成立校董事会,推举庄明理为董事长,张文裕、张楚琨、蔡镏生、王庆元、高明轩为副董事长。1983年7月,培元中学被确定为福建省首批办好的重点侨校之一。海外校友恢复了与母校的联系,并以极大的热情支持母校的复兴工作,为母校兴建校舍,添置教学设备,设立奖学、奖教金,学校呈现一派欣欣向荣的景象。
1994年7月,国务院副总理李岚清亲笔为培元中学90大庆题写贺词:“为振兴中华培养优秀人才作出更大的贡献。”1994年10月,培元中学第二届董事会成立,推举黄保欣为名誉董事长,吕振万为董事长。 1996年,培元中学被确认为福建省一级达标中学,进一步激发了师生和广大海内外校友的办学热情,海外校友继续捐资办学,为学校兴建校舍,捐赠教学设备衡谨丛,设立奖教奖学基金,学校全体师生再接再厉,不懈努力,加大教改教研力度,推进素质教育的全面开咐樱展,巩固了一级达标的成果,并将学校的教育教学水平提高到一个新的台阶。
1997年,被评为福建省“军民共建先进集体”,1999年,被评为福建省军民共建“三挂钩”先进集体。