越南战争期间,勇敢而忠于职守的美国特种部队上尉威拉德回国休假归来,正心烦意乱地在西贡等待新任务,这次回国的惟一收获便是妻子与他离婚。不久他被召到芽庄司令部情报处,在那里他奉命执行一项秘密使命:到柬埔寨丛林寻找前第五特种部队指挥官柯兹上校并把他干掉。一位将军告诉他,柯兹本是个勇敢而有作为的军官,但入越后思想变得很不健康,杀了四个南越特工(两人为上校)后不服调遣,躲进柬埔寨丛林。现在他完全疯了,率领一支部落武装胡乱杀人,他充当他们的上帝,成了丛林之王。在播放监收的录音时,威拉德听到了柯兹的声音:“他们说我是杀人凶手,他们撒谎,这些该死的官僚才是真正的凶手!”
一艘海军巡逻艇奉命护送他溯侬河而上,到柬埔寨寻找柯兹的踪迹。艇上有四人,为首的轮机长菲利普是个只知不折不扣执行命令的军士,外号叫“厨子”的机械师蔡夫胆小如鼠,黑人机枪手克林喜欢演奏摇摆舞曲,白人水手兰斯曾是著名冲浪手。侬河入海口为越共控制,因此上司又调空中骑兵师91支队为其开路。支队长基尔戈中校是个喜欢玩战争游戏的职业军人,骑兵师由战马换成直升机后,他的玩兴更大了,在去侬河口的途中他自作主张袭击了一个村庄,打死不少越南人。一个垂死的越南人失血过多想喝水,他夺过一把水壶浇向那人,然而当他听说兰斯就在眼前时,急忙扔掉水壶奔向兰斯,原来他是个狂热的冲浪迷。他本不情愿去侬河口,但听说那里浪高六吹,便决定荡平越共据点去冲浪。他率十余架直升机猛烈轰炸扫射学校和民房,同时也遭到越共的有力还击。他又召来轰炸机向密林中扔凝固汽油弹以便“打扫干净”冲浪地区……直升机将巡逻艇吊入侬河,五人登船逆流而上。两岸的丛林中潜藏着危险,他们在恐惧中航行,动辄开枪射击。为驱除内心的空虚和恐惧,三个士兵不时吸毒、酗酒、谈女人。他们在一个基地补充燃料,正巧赶上劳军演出。入夜,几千士兵聚集在广场上。直升机载来三位《花花公子》杂志的封面女郎,她们身着三点式表演装,在摇摆舞曲伴奏下扭腰摆臀,挥动着手枪作出种种挑逗动作。满场的大兵狂呼乱叫,冲动得近乎发疯。几个士兵跳到场上拥吻牛裸的女郎,引发了一场骚乱…笑森…巡逻艇继续航行,威拉德不时翻阅柯兹的档案,越看越佩服,并渐渐悟出要处死他的原因。柯兹的履历完美无缺:三代西点军校毕业,坚决要求加入特种部队,不惜放弃能晋升将军的工作。他作战英勇,捷报频传,然而他总是自作主张,顶撞上司。后来他慎做杀死南越特工,上司说只要从此听命,旧账可以不算。但他坚持说他们是越共,杀了他们管区就太平了。上司因他拒不认错而要逮捕他,他抗命并率部退向柬埔寨,从此杀人无算,令越共闻风丧胆。一只渔船驰过,菲利普不顾威拉德的反对,要按规定搜查是否藏有越共军需。搜查中一只箱子有动静,立即招致美军疯狂扫射,全船人都被打死,事后才发现箱内是只小狗。一女渔民尚未断气,威拉德一枪打死了她,还责怪菲利普不该找麻烦。巡逻艇夜间到达美军在侬河的最后一个据点杜龙桥,这里双方夜战正酣。一个中尉送来邮包,上司通知威拉德几个月前执行同样任务的科比上尉现已归顺柯兹。
巡逻艇进入了柬埔寨,克林正收听刚收到的母亲的录音带,忽然岸边射来密集的子弹,他当即身亡,录音机里母亲正说着:“我们将等你回来……”两岸的丛林越来越显得可怕,四周景象奇特,烟雾弥漫,气氛诡异。小艇又遭到了弓箭和镖枪的袭击,尽管威拉德反对,菲利普仍下令开枪,突然一枝镖枪刺穿了他的胸部,他倒地死去。巡逻艇驶近一处吴哥式庙宇的石阶,石阶前的河面上小船密集,小船和石阶上站满近碰孝亩乎赤裸、身上脸上涂着怪诞色彩的土著人,他们手持武器,警惕地盯视着来客。岸上一个美国人让他们拉汽笛,汽笛响过,土著人散开。威拉德走上台阶,那人是位摄影师,他介绍说这里的人都是柯兹的儿女,他们认为你要带他走,但他现在率部下进丛林了。摄影师还说他是战士、诗人、喜怒无常,心狠手辣,他为正义而战,是个伟人。威拉德决定回船等待。他四周到处是死尸,一片恐怖景象,人群中他还认出了表情木然的科比上尉。良久,威拉德决定带兰斯上岸寻找柯兹,行前他把无线电台交给留守的厨子,并说如他们逾期不归就报告上司将此炸平。两人前行不远威拉德便被当地人抓走。在黑暗的庙宇中,光头的柯兹见面便直称威拉德,并说:“我料到会有人来,你是来收欠账的。”此后几天威拉德时而被关,时而又任其自由活动。柯兹时而把人头扔在他身上,时而又与他推心置腹。摄影师对他说:“他喜欢你才让你活着,他用得着你。这里快出事了,他思想清楚,灵魂疯了,大概活不长了,事业一完就会死。你要杀死一个天才!”柯兹不时诵念着富有哲理的警句,他对威拉德说:“你有权杀我,但无权说我是杀人凶手。如果我死了,希望你告诉我儿子你看到的一切。你要理解我,你会替我去的。”威拉德经历了这一切后,思想也变得恍惚起来:“他们为此要提我为少校,我现在根本不想回他妈的军队了。所有的人都等着我去解除他的痛苦,他盼望着勇士般地死去,决不作逃兵。”威拉德握着砍刀向柯兹走去,柯兹转过身来,任其砍杀而毫无反抗,断气前喃喃说着:“恐怖!恐怖!”与此同时,土著人也在举行祭祀仪式,一头雄牛被一刀刀砍死。威拉德木然地走出庙外,聚集在空场上的成千土著人纷纷向他下跪。他徐徐穿过人群,拉着混在人群中的兰斯走下石阶,登上了巡逻艇。巡逻艇掉头驰去,美国飞机却开始对丛林狂轰滥炸,凝固汽油弹把葱郁的森林变成一片火海……