被佩恩杀死的 《火影忍者》第一部完结前,他带了鸣人离开村落,出外进行了两年半的修练。修练中曾遭到化身为尾兽并现出其中四尾的鸣人袭击,差点儿掉了性命。这也是他自称偷窥纲手以来,第二次具生命威胁的袭击。因此他劝旗木前蔽卡卡西要留心,不要让鸣人有现出四尾的机会。和鸣人返回木叶村后不久,又为了追查“晓”兼“雨隐村”之首领佩恩而再次离开。因这是十分危险的任务,所以临走前他和纲手说尽了心中事。 及后自来也得知“晓”首领佩恩及成员小南的真正身分,原来是自己在雨隐村所收的学生。从前大蛤蟆仙人亦曾对自来也预言他会收一个独当一面的孩子为徒,而这孩子会为忍界未来带来改革或破坏,那时他就被迫要作出“选择”。初时自来也以为眼前的敌人佩恩,就是预言中的变革者,作出“选择”(把这个试图使世界陷于纷争的的神论者杀死)的时刻也已经到了。故一场师徒之战一触即发。虽然自来也使出浑身解数,及召来两位蛤蟆仙人(深作及志麻)相助,可是佩恩“六道”人数众多,加上自来也不了解佩恩六道的相关情报,所以不幸被杀。但最后牺牲自己查出了佩恩“六道”的真正身分(除了他的学生弥彦中拆(天道)外,还有来自其他忍村的五位忍者)。临终慧培州前他回忆起跟波风水门及漩涡奇奈的对话,及从自己著作《自来也豪杰物语》中为他们的儿子取名字曰鸣人,又回忆起自己一生失败之事,并省悟出鸣人才是预言中的“预言之子”,因鸣人也正有那种绝不轻易放弃的毅力。他要求仙人把最后的遗言带回木叶隐村,佩恩“六道”也向自来也扑去,自来也被击沉于水中,而蛤蟆仙人深作则成功逃回木叶。