Simone乾隆时期由马明心传入中国，由于受到穷苦回民老百姓的喜爱与拥护，威胁到了老教的利益，于是与虎夫耶华寺门宦发生冲突，事发后清政府处置不当，旦缓信扶持老教，打压新教，所以就发生了苏四十三领导的回民抗清起义。乾隆皇帝称新教哲派是“邪教”，田五暴动被镇压，清庭禁止它传播，采用乡约民防，没有阻止住它的秘密发展。同治前后，第五代穆勒师德（传教人、主教人）马化龙和马明心之四世孙马成麟（即马圣麟）大力秘密发展哲合忍耶，于是哲合忍耶又达到了第二次鼎盛，但由于受到清廷的残酷镇压与迫害，哲合忍耶又处于被灭亡的边缘，多位穆勒师德都惨遭杀害和流放。至马元章时期，马元章采用保存势力的忍耐方法模轮，使得哲合忍耶学派走出困境，并出现中兴。
自从清乾隆以来以来，由于不当的民族政策造成回民屡次反抗清廷统治，这危害到了清廷统治者的利益，于是他们采用“以回治回”、“哪慧以汉制回”“汉强连回击汉，回强则连汉击回” 的策略，不惜利用一切措施和手段，已达到维护自己统治的目的。所以，欲要了解中国的伊斯兰历史，不能不首先了解哲合忍耶学派。哲合忍耶追求宗教信仰自由，在清朝屡遭残害的黑色年月，推崇“舍希德”精神和“束海达依”思想，“舍命不舍教”，所以一度被称为“血脖子教”。 这一切都是在特定历史条件下作出的一种以暴制暴的回应，和后来的哲合忍耶学派大相径庭。
