SimoneTV版结局
剧场版的故事是发生在TV版后的2年。
在TV版（03版）的大结局中，艾尔使用了贤者之石救回被Envy（安比、恩维）杀了的爱德而牺牲自己，爱德以7角炼成阵发动炼成，在门中把艾尔的身体和灵魂再构筑后，在守着自己的肉体和精神的状态下被冲到门的另一边，即现实世界（慕尼黑1921年）去。
两兄弟被分隔于现实世界和炼金术世界，他们个别寻求重逢的方法。
§现实世界～慕尼黑 Munich 1923年§ )
爱德被冲去现实世界西历1921年的德国慕尼黑。
这时正是第一次世界大战后，德国正处于因为战败带来的贫穷和动荡中。
在不能使用炼金术的世界，爱德前往研究火箭工学，遇上了一名貌似弟弟艾尔的少年Alphonse Heiderich，并且和他一起研究火箭工学。
经过了2年的努力，仍然不能回去原本世界，这令爱德焦燥起来。
但就在此时，爱德从名叫马布斯（マブセ、Mabuse）的男人打听到有关“巨大的蛇”的传闻，这令爱德想起了通过了门变成龙的人造人Envy。
QShambala在佛教中是一个世外桃源的理想乡，当时活跃于慕尼黑的神秘右翼组织‘Thule协会’，主张“谁能征服了Shambala，谁就能统治世界”，所以它们也在追寻Shambala的关键－－龙的下落以及另一个关键－－拥有看到他人梦境能力的少女诺亚。
爱德在嘉年华会中，救助了被Thule协会追捕的诺亚。
究竟爱德回去的关键最后会怎样呢？
两兄弟重逢的心愿，交错着摇动两个世界的前所未有的大事。
“二人约定之日，世界摇动” 剧场版的故事发声在TV版结束的两年后。爱德华和艾尔兄弟二人被隔绝在两个世界无法相见。弟弟艾尔在TV版的最后得到了失去的肉体，但是作为等价交换失去了与哥哥爱德华二人四处旅行的这些年的所有记忆。虽然艾尔隐约记得哥哥的一些事情，但是周围的人都很少提起爱德华。终于有一天，艾尔决定出发寻找哥哥，无论爱德华身处哪个世界。他穿起哥哥留下的炼金术师袍，展开一段长达3000里的，新的炼金术师的旅程……（他穿着我们熟悉的红色外套，带着白手套，和爱德异常相似）
而在现实世界，慕尼黑，1923年.艾德与长相跟艾尔很像的德国少年——艾尔方斯·亨德里克生活在一起.为了寻找回到炼金世界的方法而帮助艾尔方斯制作火箭.可随着时间的流失,一事无成的艾德也感到了焦躁不安.就在这姿闹数时,在与一个名为诺娅的少女接触后,又认识了一个名为马布斯的神秘男人.在古城的捕龙行动中又与恩维(那个人造人...)再会.......一些奇怪的线索也逐渐浮出水面,这时的艾德又与寻找理想之国的香巴拉的图雷弯颤协会发生对峙……（图雷协会是纳粹思想的母体，崇尚超自然能力的秘密组织。在故事中为了获得香巴拉的力量而在慕尼黑发生叛乱。图雷协会的会长戴尔特林德.艾卡特是历史上真实存在的人物，而历史上该人是男性，在慕尼黑暴动后原因不明的死去）
命运的漩涡当我得知你消失后我立刻就知道你没有死 你还是活迹首着的你只是展开了一个旅程离开了等价交换离开了为弟弟所赎的罪离开了炼金术你首次成为了爱德华·艾力克决定展开这次旅程的是你自己所以 我相信总有一天我们会再一次相遇…… Shambala在西藏的佛教中，被称为“完美的领域”。「谁能征服了Shambala，谁就能统治世界」，Thule Society的领袖Karl Haushofer这样说。Thule Society的基地在慕尼黑，他们向纳粹扩张势力，为的是寻找通往Shambala的关键：龙。同时，爱德遇见了一个名叫Mabuse的神秘人，为他带来了一个消息：有人曾经在一座荒废的古堡看到一条巨大的“蛇”。这使爱德记起那化为巨蛇，尝试闯到“门的那一边”的人造人，Envy。爱德对这个传闻十分在意，希望找到回去的方法。那些寻找着“龙”（巨蛇）的人，认为这是找到“完美的领域”的关键…还有Envy…相互交错的线索，正一点一点地变得清晰，旋风般纷至沓来的事件，快要展开了……
Edward Elric爱德已经装上了“模拟皮肤” 的义肢。虽然比较接近人体，但它们不能像机械铠般活动自如。无助的爱德没有任何回家的线索。那个关于“巨蛇”的传闻，会否助他找回以往的热情和干劲呢？Alphonse Heiderich与阿尔长得一模一样的年轻人，与爱德一起生活。得到赞助后，他一直埋首于火箭学的研究。他的赞助者到底是谁？是谁打算利用他的研究？看来，在他身上发生的事件，都会和爱德的故事有密切关系。Dragon (Envy)被拉进“门”时，Envy说过：“我要到霍恩海姆－我的父亲所在的地方！”那个地方－我们的世界，就是爱德的所在地。那么，Envy的出现也就不会令人感到惊讶了。Envy与爱德重遇时，又会发生甚么事情呢？除此之外，中央和里奥尔（Lior，第1集出场罗莎的故乡）发生了影响世界的大事，云莉、罗珊（Rosa）以及装了机械铠的拉斯（Wrath）也涉及在内。
'究竟这危机会怎样影响艾尔和罗伊呢？
