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收尸记录据统计，国际红十字会在南京城内外掩埋尸体总计43,121具，南京红十字会收埋22,371具，慈善机构崇善堂收埋112,267具，慈善机构同善堂共埋尸7,000余具，鸡鹅巷清真寺王寿仁以“南京回教公会掩埋队”名义掩埋回族尸体400余具。仅此5个慈善团体收埋尸体就达18.5万余具。另有中国平民芮芳缘、张鸿儒组织难民30余人掩埋尸体7,000余具；湖南木商盛世征雇工，收埋上新河地区死难者遗体28,730具。此外，日军支持的傀儡政权对尸体也进行了掩埋。如伪下关区公所在下关、三汊河一带收埋尸体3240具；第一区公所在城东南一带收埋尸体1,233具；南京市政公署命伪卫生局于1939年1月收集中山门外灵谷寺一带遗骨3,000具，葬于灵谷寺之东，立“无主孤魂碑”记录埋尸经过。南京沦陷前，日军曾在上海、苏州、嘉兴、杭州、绍兴、无锡、常州等地屠杀平民。有日本部分历史学家曾经怀疑中方声称的三十万被杀平民，实际上包括了这批南京以外被杀的华东人口。而中国历史学家认为若华东地区被杀人口也计算在内的话，总数可能高达一百万人。根据孙宅巍（江苏省社会科学院研究员）、高兴祖（南京大学教授）的研究认为死亡30万人以上。广田弘毅在致日驻美国大使馆电中承认日军在南京等地用血腥手段使“不少于30万的中国平民遭杀戮”非交战国人证物证·《拉贝日记》《魏特琳日记》侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆前印有222名“历史证人的脚印”的铜版路，路长40米、宽1.6米。美国牧师约翰·马吉1937年用一架1930年代的老式16毫米摄影机、拍摄记录了迄今唯一的南京大屠杀影像，共四盘放映长度达105分钟的电影胶片（2001年约翰·马吉的儿子大卫·马吉亲自将它捐赠给侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆）。约翰·马吉在当时的信件中也有大量关于大屠杀的描写：“强奸妇女的行为已无法形容和想象”，“我能说的是，这个城市的每一个大街小巷都有死尸，我去了很多地方，包括下关地区”。南绝橘京安全区国际委员会总干事费区目睹日军在南京地区的暴行，将马吉牧师拍摄的记录日军暴行的胶片偷运到上海柯达公司，制作并带到美国各地放映，并在美国《读者文摘》上揭露日军违反国际战争法的暴行：“日本人从我们的宿营地抓人时，把手上有老茧和剃光头的，都当作当兵的证据，认为务必判以死刑。他们想要枪杀谁，就把谁拉出去”。1930年代英国《曼彻斯特导报》驻华记者田伯烈1938年初撰写了《外人目睹中之日军暴行》一书，第一次向世人完整公布了日军南京大屠杀的真相，痛斥日军制造了“现代史上破天荒的残暴记录”。1937年任南京安全区国际委员会主席的约翰·拉贝救助中国难民时，详细记录了日军的杀人暴行：“12月14日，日军士兵的抢劫、强奸和屠杀等恐怖活动铺天盖地地压了过来”受害者人证李秀英，怀着7个月身孕，与3个日本兵搏斗身中37刀，在鼓楼医院收治并留下了影像资料。她并赴日本进行对日索赔诉讼，在审讯期间逝世。夏淑琴，全家9口人被杀7口，她被刺伤后从死人堆里爬出。姜根福，（1929年12月20日-），弟弟被日本兵摔死，母亲因为反抗强奸而被开枪打死，父亲被抓走，二姐因反抗强奸被刀劈死。崔金贵，亲眼见慈善团体崇善堂的收尸埋尸过程，并确定崇善堂在埋尸时有计数。尚德义，1937年12月6日上午11时被日军抓获，同时与1000名以上的中国男子一起被机枪扫射，绝大多数当场死亡。他由于被尸体压住晕倒而幸免于难。伍正禧，在南京新华巷62号避难时，其二哥伍正保、大表哥云馆、三表哥三云、表叔老王被抓走并枪杀。祖父被刀捅死，30岁的表娘被强奸。邵翰珍，父亲邵锦晴、祖父邵才潮和舅舅任发和被日军枪杀。皇甫泽生，保卫南京的一个士兵。被日军俘获后与几百人一起，在并州团板桥镇一个山沟里集体被日军用机枪射杀。日军在射杀后再用刺刀捅死幸存者。他和另一个重伤难友为仅存者。孟宪梅，在淌水沟接水时，亲眼看到日军用多辆卡车把老百姓押到汉中门新桥桥口下面用机枪射死。陈光秀，在南京汤山镇许巷村，父亲被枪杀，包括弟弟在内的村里100多个年轻人被刺刀刺死。艾家四兄弟被扔到天空摔死。多名女性被强奸。母亲因为父亲和弟弟被杀导致忧郁而死。刘文静，大方巷广场集体屠杀（一迹橘百多人）见证人。天津工商银行退休职工、南京大屠杀幸存者刘钟铭当年在南京一家商铺当学徒，说道：“日本鬼子进城后见人就杀，城里到处都是尸体，载着日本兵的汽车就从尸体上开过去。那个惨景，我一辈子也忘不了。”日方佐证侵华日军各级指挥机构当时的命令和军官的记录为直接物证：攻占南京的日军第6师团司令部曾接到命令：“不论妇女儿童，凡中国人一概都杀，房屋全部放火焚烧”。日军第16师团长中岛今朝吾的日记中也记道：“大体上不保留俘虏，全部处理之”。1938年1月11日，日本外相广田弘毅在电文中称：“自从前几天回到上海，我调查了日军在南京及其他地方所犯暴行的报道，据可靠的目击者直接计算及可信度极高的一些人来函，提供充分的证明：日军的所作所为及其继续暴行的手段，不下30万的中国平民遭杀戮”。（吴天威，译自华盛顿国家档案馆公开的《日、士兵的日记、证言也被列为南京大屠杀的证据：侵入南京的日军第6师团辎重第6联队小队长高城守一日记中说，1937年12月14日，他看到南京下关江边：“尸体像漂流的木头被浪冲了过来，在岸边重叠地堆积着的尸体一望无际。这些尸体可能有几千、几万，数目大得很”。日军第16师团老兵东史郎的日记（《东史郎日记》）为重要实证，例如他在1937年12月21日的日记中写道：“哭喊着的支那（中国）人被装进邮袋中，西本（日本兵）点着了火，汽油一下子燃烧起来。就在这时袋子里发出了一种无法言状的可怕的喊叫声。袋中人用浑身的力气使袋子跳了起来，自己滚动。手榴弹在水中爆炸了，水面一下子鼓了起来，然后平静下去”。其他重要的日本兵日记还有：《高岛市良日记》、《小原孝太郎日记》、会攻南京的日侵略军第十六师团师团长中岛今朝吾的日记等。《朝日新闻》记者本多胜一的著作《中国之旅》，记录“百人斩”等屠杀事件。笠原十九司教授，日本国内研究南京大屠杀的权威学者之一，曾多次提供南京大屠杀证据（《侵略亚洲的日本军队》）。再添屠城铁证日军旗帜记录南京屠城史实，侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆再次获赠200多件（套）文物史料及书画作品。其中，侵华日军十六师团一面载有侵占南京并进行屠杀的国旗、建于南京大屠杀期间的慰安所照片、目击南京大屠杀的老兵遗信、带血军刀等文物史料，为侵华日军在南京犯下的暴行再添新的铁证。据悉，迄今为止，纪念馆在全世界已征集各类藏品15万余件，其中文物达2.5万余件，已有3300多件文物展出。铁证1：日军军旗军旗上写着“南京扫荡战”哈尔滨市民张广胜昨天捐赠了5件珍贵文物，最引人注目的是一面南京入城日本旗。旗上详细记录了他从日本到中国参加侵华战争，从天津塘沽港登陆作战开始，由上海进攻南京，然后参加台儿庄会战，经过几千公里，历时二年的侵略经历。旗子最正中的显著位置，用毛笔楷书写的“南京入城”四个大字，旁边注“南京城内扫荡战参加”字样，标注确切的时间为“昭和十二年十二月十四日”，也就是1937年12月14日。旗子上密密麻麻但清晰可辨的文字不光记载了日军在侵占南京并入城的时间，还包括日军占领各城市及入城时间，常州、丹阳、镇江、句容等地的占领时间都在上面，与南京大屠杀的凶手之一十六师团的侵华路线一致。纪念馆馆长朱成山认为，这面旗子上书写的“南京城内扫荡战”中的“扫荡战”，在日文中就有清除和杀戮的意思，可以说，这是日军侵略中国并在南京进行血腥屠杀的直接证物。”铁证2：慰安所照片日本友人捐赠 有力回击日右翼谬论日本友好僧人一户彰晃捐赠的一批文物，主要涉及侵华日军在慰安妇这一领域的罪行，包括两盒军用安全套的高仿品，以及两张慰安所的照片：一张拍摄于北京，一张拍摄于南京。拍摄于南京的这张标注为“兵站御指定将校慰安所”。这张照片由日本冈山一家媒体在2007年披露，照片正中是一家叫“清富士楼”慰安所的大门，从大门望去里面似乎是一座庭院，青砖瓦顶石灰墙，典型的传统民国民居建筑。这张照片是由侵华日军南京兵站的一名卫生伍长坂本多喜二拍摄的，拍摄时间是在1938年1月。铁证3：老兵家书详细描写日军屠城暴行 搜集者屡受右翼恐吓曾向纪念馆多次捐赠文物史料的日本友人大东仁带来6件文物史料：1937年12月12日版《东京朝日新闻》关于南京沦陷的报道；反映南京沦陷时日本靖国神社和日军在南京情况的《祝贺攻陷南京的靖国神社明信片》、《攻陷南京的明信片》；记载1940年居住在南京的日本石川县出生者名录《南京石川县人会名簿》；介绍日军侵略南京的电影《南京》宣传单等。朱成山说，这部电影《南京》反映了1937年日军入城及日军攻占南京后城内的情况，由日本于1937年拍摄、1938年编辑，是日本对国民进行虚假、欺骗宣传的电影，此次捐赠的《南京》电影宣传单，在纪念馆史料收藏上还是第一次。据了解，为了帮助纪念馆搜集文物史料，大东仁先生饱受日本右翼势力恐吓，但依旧不屈不挠，至今已为纪念馆收集到1200多件文物史料 。史实报道1937年12月13日，《东京日日新闻》报道了日军“片桐部队”的向井敏明、野田岩两名军官在南京紫金山一带进行杀人比赛的消息。1937年12月18日，《纽约时报》记者蒂·德丁发自南京的首篇报道。1937年12月28日，上海英文报纸报导侵华日军在南京集体大屠杀中说：“城内无辜居民的尸体铺满了街道。靠江边的城门口，尸体堆成山，高及一米。汽车和载重汽车来来往往在尸体上面走过”。《画刊周报》（1943年10月1日出版）记载了侵华日军南京大屠杀暴行。——原件存于中国第二历史档案馆1985年4月、1988年6月，德丁先生曾两次访问南京，并参观侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆。由国家档案局提供的资料显示，在这些日本战犯中，佐佐木到一是日军第16师团第30旅团旅团长，南京大屠杀的主犯之一。1937年12月，佐佐木到一率部进行了南京大屠杀，直至1938年1月，其所在部队是南京大屠杀中罪恶最大、最凶残的部队之一。1945年8月，日本宣布无条件投降后，佐佐木到一被苏军逮捕，后移交给中国政府。
