Simone在用DNAMAN的多序列比对时，在弹出的对话框中可能没有选择“尝试使用双链”，包括编码链和非编码连的比对，测序得到的目的片段可能是非编码链（即你目的基因的编码链的互补序列），而NCBI中提交的序列都是编码链段闹的序列。
所谓指扮重叠基因是指两个或两个以上的基因共有一段DNA序列，指一段DNA序列成为两个或两个以上基因的组成部分。重叠基因有多种重叠方式。例如，大基因内包含小基因；前后两个基因首尾重叠一个或两个核苷酸；几个基因的重叠，几个基因有一段核苷酸序列重叠在一起，等等。
重叠基因中不仅有编码序列也有调控序列，说明基因的重叠不仅是为了节约碱基，能经济和有效地利用DNA遗传信息量，更重要的可能是参与对基因的调控。
序列比对
的理论基础是进化学说，如果两个序列之间具有足够的相似性，就推测二者可能有共同的进化祖先，经过序列内残基的替换、残基或序列片段的缺失、以及序列重组等遗传变异过程分别演化而来。序列相似和序列同源唯燃灶是不同的概念，序列之间的相似程度是可以量化的参数，而序列是否同源需要有进化事实的验证。
