一、引物设计有3条基本原则:
1、引物与模板的序列要紧密互补。
2、引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构。
3、再次引物不能在衡升模板的非目的位点引戚猛发DNA聚合反应(即错配)。
二、PCR引物设计的目的是找到一对合适的核苷酸片段,使其能有效地扩增模板DNA序列。如前述,引物的优劣直接关系到PCR的特异性与成功与否。对引物的设计不可能有一种包罗万象的规则确保PCR的成功,但遵循某些原则,则有助于引物的设计。
扩展资料:
引物所对应的模板序列的Tm值最好在72℃左右,至少要在55-80℃之间,Tm值曲线以选取72度附近为佳,5'到 3’的下降形状也有利于引物与模板的结合;
ΔG值(自由能)反应了引物与咐仔老模板结合的强弱程度,3'端的ΔG值相对要低,且绝对值不要超过9,否则不利于正确引发反应,3'末端双链的ΔG值在0--2kcal/mol时,PCR产量几乎达到百分之百,但在-6时只达到40%,-8时少于20%,-10时接近于0。
参考资料来源:百度百科-引物设计